中国高等教育学会机构设置最高权力机构会员代表大会为学会最高权力机构，其职责是：（一）制定和修改章程；（二）选举和罢免理事、监事；（三）审议理事会工作报告和财务报告；（四）审议监事会工作报告；（五）决定终止事宜；（六）制定和修改会费标准；（七）决定其他重大事项
会员代表大会须有2/3以上的代表出席方能召开，其决议须经到会代表半数以上表决通过方能生效
会员代表大会每届五年，因特殊情况需提前或延期换届的，须由理事会表决通过，报业务主管单位审查并经社团登记管理机关批准同意
延期换届最长不超过一年
执行机构理事会是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导该会开展工作，对会员代表大会负责
（一）单位理事的代表应由该单位的主要负责人担任
单位理事包括：省（区、市）高等教育学会代表，行业领域从事高等教育的社会组织代表，高等学校代表，独立设置的教育科研机构代表，高等教育管理、服务机构代表，学会分支机构代表，热心支持高等教育发展的事业单位、行业企业和社会组织代表
（二）个人理事为业务主管单位或理事会推荐的个人，经选举后成为学会理事
个人理事因故不宜担任理事的，须辞去理事职务
（三）根据会员代表大会的授权，理事会在届中可以增补、罢免部分理事，最高不超过原理事总数的1/5
理事会职责是：（一）执行会员代表大会决议；（二）选举和罢免会长、副会长、秘书长、常务理事；（三）筹备召开会员代表大会；（四）向会员代表大会报告工作和财务状况；（五）决定会员的吸收和除名；（六）决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和撤销；（七）决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；（八）领导该团体各机构开展工作；（九）制定该届理事会基本内部管理制度；（十）决定其他重大事项
理事会每年至少召开一次会议，特殊情况时，可采用通讯形式召开
理事会会议须有2/3以上理事出席方能召开，其决议须经到会理事2/3以上表决通过方能生效
分支机构截至2019年11月，学会有分支机构67家、大学高等教育学会12家，行业高教学会（分会）11家，各省、直辖市、自治区高等教育学会28家
中国高等教育学会分支机构（67家） 保健医学分会保卫学专业委员会大学素质教育研究分会创新创业教育分会地方大学教育研究分会档案工作分会高等教育管理分会辅导员工作研究分会高等财经教育分会大学文化研究分会高等教育学专业委员会高等商科教育分会音乐教育专业委员会工程教育专业委员会工程热物理专业委员会公共关系教育专业委员会广告教育专业委员会宣传工作研究分会国际政治研究专业委员会继续教育分会教师教育分会教学研究分会教育基金工作研究分会教育评估分会教育数学专业委员会教育信息化分会科技管理研究分会理科教育专业委员会廉政建设分会马克思主义研究分会美育专业委员会秘书学专业委员会数字化课程资源研究分会设计教育专业委员会社会科学科研管理分会摄影教育专业委员会师范教育分会师资管理研究分会实验室管理工作分会思想政治教育分会特殊教育研究分会体育专业委员会外国留学生教育管理分会外国文学专业委员会外语教学研究分会校际合作研究分会校史研究分会校友工作研究分会新闻学与传播学专业委员会薪酬管理研究分会学生工作研究分会学习科学研究分会医学教育专业委员会仪器科学及测控技术专委会产教融合研究分会引进国外智力工作分会影视教育专业委员会语文教育专业委员会院校研究分会职业技术教育分会自学考试分会中外合作办学研究分会招生考试研究分会“一带一路”研究分会军民融合教育研究分会生态文明教育研究分会统战工作研究分会----大学高等教育学会（12家） 武汉大学高等教育学会南开大学高等教育学会上海交通大学高等教育学会浙江大学高等教育学会中国地质大学高等教育学会（武汉）清华大学高等教育学会中国人民大学高等教育学会哈尔滨工业大学高等教育学会中南大学高等教育学会北京工业大学高等教育学会上海机电学院高等教育学会华中科技大学高等教育学会行业高教学会（分会）（11家） 公安教育学会中国教育技术协会远程教育专委会中国电力教育协会中国交通教育研究会高等教育研究分会全国中医药高等教育学会中国煤炭教育协会高等教育分会中国电子教育学会电子高等教育分会中国冶金教育学会中国林业教育学会中国地质学会地质教育研究分会中国水利教育协会高等教育分会--各省、直辖市、自治区高等教育学会（28家） 北京市高等教育学会天津市高等教育学会上海市高等教育学会重庆市高等教育学会河北省高等教育学会内蒙古自治区高等教育学会辽宁省高等教育学会吉林省高等教育学会黑龙江省高等教育学会江苏省高等教育学会浙江省高等教育学会安徽省高等教育学会福建省高等教育学会江西省高等教育学会山东省高等教育学会河南省高等教育学会湖北省高等教育学会湖南省高等教育学会广东省高等教育学会广西壮族自治区高等教育学会海南省高等教育学会四川省高等教育学会贵州省高等教育学会云南省高等教育学会陕西省高等教育学会甘肃省高等教育学会青海省高等教育学会宁夏回族自治区高等教育学会
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