中国科学技术史学会组织机构学会最高权力机构是每四年召开一次的会员代表大会
由该大会选举出的理事会是其在闭会期间的执行机构
理事会每年至少召开一次会议，闭会期间由其选举出的常务理事会执行会议决议等
常务理事会选举出理事长一名，副理事长若干名，秘书长一名，负责学会各项工作
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