中国航海学会机构设置最高权力机构中国航海学会的最高权力机构是全国会员代表大会，其职权是：（一）制定和修改章程；（二）选举和罢免理事；（三）审议理事会的工作报告和财务报告；（四）制定和修改会费标准；（五）选举或罢免监事；（六）决定其他重大事项；（七）决定终止事宜

 执行机构理事会是全国会员代表大会闭会期间的执行机构，由全国会员代表大会无记名投票差额选举产生，对全国会员代表大会负责，领导该团体开展日常工作

理事会的职权是：（一）执行全国会员代表大会的决议；（二）选举和罢免正、副理事长、秘书长和常务理事；（三）筹备召开全国会员代表大会；（四）向全国会员代表大会报告工作、财务状况和其他重大事项；（五）决定会员的吸收和除名；（六）决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和注销；（七）决定副秘书长和各机构主要负责人的聘任；（八）领导该团体各机构开展工作；（九）制定学会内部管理制度；（十）决定名誉职务的设立和人选；（十一）决定其他重大事项

 下属委员会据2018年5月中国航海学会官网显示，学会有20个专业委员会、1个秘书处、2个编委会

 中国航海学会20个专业委员会中国航海学会航海遥感专业委员会中国航海学会船舶机电专业委员会中国航海学会船舶检验专业委员会中国航海学会危险货物运输专业委员会中国航海学会航海心理学专业委员会中国航海学会水运管理专业委员会中国航海学会船闸专业委员会中国航海学会海洋船舶驾驶专业委员会中国航海学会引航专业委员会中国航海学会通信导航专业委员会中国航海学会航标专业委员会中国航海学会内河船舶驾驶专业委员会中国航海学会内河海事专业委员会中国航海学会航海历史与文化研究专业委员会中国航海学会海运法规研究专业委员会中国航海学会船舶防污染专业委员会中国航海学会水运技术经济专业委员会中国航海学会救助打捞专业委员会中国航海学会集装箱运输专业委员会中国航海学会内河航运开发建设专业委员会

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