中国医药科学影响因子据2017年版《中国科技期刊引证报告》（扩刊版）的数据显示，该刊总被引频次为10614、学科排第20位，影响因子为1.321，学科排第23位，学科影响指标0.86、学科排第6位，基金论文比0.219，他引率0.95
据2020年3月25日中国知网显示，《中国医药科学》总总被下载1216467次、总被引66807次，（2019版）复合影响因子为0.427、（2019版）综合影响因子为0.376
据2020年3月25日万方数据知识服务平台显示，《中国医药科学》被引量为71032次、下载量为401899次；据2017年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，该刊影响因子为1.46（医学综合刊均影响因子为1.02），在全部统计源期刊（6670种）中排第686名
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