普通外科学副作用免疫抑制剂由于选择性和特异性的限制，在治疗的同时不可避免地会损伤患者的免疫防卫能力，致使患者抗感染能力下降，恶性病变的危险增加，损伤造血、免疫系统及肝、肾、消化道功能，造成神经和内分泌功能紊乱，并引发某些过敏反应等

环磷酰胺可引起患者脱发，致出血性膀胱炎，如尿频、尿痛、血尿，蛋白尿等

糖皮质激素可加重或诱发感染，诱发胃溃疡，合并出血和穿孔，引起代谢紊乱，升高血压、血糖、血脂，引起骨质疏松，兴奋中枢神经系统致失眠等不良反应

硫唑嘌呤可致胆汁淤积和肝细胞损害

MTX有消化道损害症状，如口腔溃疡、血便等，尚可致畸胎、死胎

环孢霉素具有肾、肝及神经系统毒性，并可导致高血压，继发感染和肿瘤的发生

FK506也具有肾毒性，而且在神经毒性方面还甚于CsA，并对胰岛β2细胞有损伤，诱发糖尿病

雷帕霉素可引起白细胞减少，血小板减少和高脂血症

霉酚酸脂则可引起呕吐、腹泻等胃肠道症状、白细胞减少症、败血症以及高血尿酸、高血钾、肌痛或嗜睡等

一系列的不良反应使得一些病人在接受治疗的同时，也饱尝了免疫抑制剂大量长期应用而带来的痛苦，有些病人病情变得更加复杂以至恶化，连医生也束手无策

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