圣保罗男女中学2000年代2001成功申请加入直接资助学校计划2002成功申请黄竹坑新小学校址小一及中一开始转为直资班2003成功申请“校舍改善工程”，政府拨款兴建中学新翼2004潘镇球校长荣休，陈黄丽娟博士继任校长2006两所全日制小学合并，并命名为圣保罗男女中学附属小学
李端仪女士获委任为小学校长“学校改善工程计划”中学新翼落成启用与香港大学合办第一个国际会议－科学会议2007与中文大学合办国际合唱交流大会2008小学黄竹坑新校舍落成启用中学借用坚尼地道校舍出席奥地利举行的第五届世界合唱比赛与香港科技大学合办国际环保会议2009与香港教育学院合办国际运动会议2010小学北京音乐文化交流之旅出席绍兴举行的第六届世界合唱比赛2011李庄月明楼及庄邱碧云太夫人舍堂启用
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