江苏省南菁高级中学历史沿革清光绪八年（1882年）9月，学校前身南菁书院由江苏学政黄体芳在左宗棠的协助下创建

光绪十二年（1886年）夏，学使王先谦在书院增设书局

光绪二十四年（1898年），南菁书院改为南菁高等学堂

光绪二十七年（1901年），南菁高等学堂改为江苏全省高等学堂

辛亥革命后，改为江苏公立南菁学校

民国6年（1917年），改办甲种农林科学校

民国10年（1921年），仍改为普通中学

民国17年（1928年）2月，改称第四中山大学区南菁学院

民国19年（1930年），改为江苏南菁中学

民国34年（1945年），学校更名江苏公立南菁中学

民国36年（1947年），学校改称江苏省立南菁中学

1949年，学校更名为“苏南南菁中学”

1953年，学校被确定为江苏省首批办好的14所省重点中学之一；同年，更名为“江苏省南菁中学”

1958年，学校更名为“江苏省南菁高级中学”

1963年，学校被确定为江苏省18所示范中学之一

1968年，学校更名为“江苏省南菁中学”

1992年，学校更名“江苏省南菁高级中学”

2004年3月，学校转评为江苏省四星级普通高级中学

2009年，学校搬迁至新校区

2016年9月，学校成为江苏省课程基地学科联盟牵头学校

2017年5月，学校通过江苏省四星级普通高中复审

2019年8月，学校入选江苏省高品质示范高中首批建设立项学校

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