南京市秦淮中学办学历史学校创办于改革开放春风里的1981年，时为一所完全中学
1997年升格为南京市重点中学
2000年被评为江苏省重点中学
2003年停止招收初中生成为独立高中，并顺利地转评为省三星级普通高中
2004年7月，学校整体迁至新校区
2009年4月，成功创建成江苏省四星级高中
2014年成功通过四星级学校的复审
学校创办时沿用了五十年代至七十年代江宁县中学（现江宁高级中学）的老校名“江宁县秦淮中学”
（校园也是江宁高级中学的老校园）
八十年代初期，以底蕴深厚的“秦淮中学”重新命名该校，包含着上级领导和江宁人民对该校的深切厚望和历史重托
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