江苏省南通中学学校荣誉原国家主席江泽民曾亲临江苏省南通中学视察，为学校题词：百年通中，英才辈出
2007年9月9日，学校被人事部、教育部授予“全国教育系统先进集体”称号
2007年12月19日，学校团委被共青团中央授予“全国五四红旗团委标兵”称号
2010年3月，学校被评为"江苏省高中语文课程教材改革实验工作先进集体"称号
2010年11月，学校被江苏省教育厅、江苏省军区司令部授予“省学生军训工作先进单位”称号
2011年1月18日，学校被市教育工会授予“2009-2010年度先进教工之家”荣誉称号
2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号
2017年，被评为“第一届全国文明校园”
2017年12月26日，学校被国家民委评为第五批全国民族团结进步创建示范区（单位）
2019年8月5日，江苏省南通中学《全力打造“四结合” 国防教育全域化》人选教育部首届全国学校国防教育典型案例
2022年1月，入选2019—2021年度江苏省文明校园（中小学）名单
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