上海南汇中学所获荣誉学校被评为上海市文明单位、上海普教系统德育工作先进集体，上海市中学行为规范示范学校，上海市花园单位，上海市科技教育特色示范学校，上海市教育科学研究先进单位，上海市二期课改实验基地，全国中小学现代教育科技实验学校，2049中国青少年科学素养培养计划上海试点学校，上海市健康促进学校，中国科学院紫金山天文台校外天文科普基地和上海市天文台科学普及实验基地
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