系统生物工程发展20世纪未，分子生物学与基因组计划的成功，21世纪伊始，国际系统生物学与医学、生物工程应用的学科在细胞信号传导与基因表达调控水平兴起，并迅速成为全球化现代科技发展热潮
2008年国内成立了邦哲系统生物工程研究所，随后，国际、国内的系统生物工程、分子系统生物工程研究机构迅速建立与发展
计算生物学、纳米生物学、化学生物学、合成生物学的发展，数学模型与人工生物系统计算机辅助设计、基因乃至基因组人工合成、规模化高通量芯片尤其微流控芯片，以及物理生物学与纳米生物技术等，为系统生物工程在细胞、分子层次开发细胞纳米机器人、生物太阳能仿生等技术带来了新的前景
生物工艺学发展到生物技术学（biotechnology）和生物工程（bioengineering），系统生物工程建立在生物系统论和化工、电子工程、计算机工程和生物技术、生物医学等学科的高度交叉基础上，从而使生物医学工程（biomedical engineering）、生物系统工程（biosystems engineering）在系统生物工程层次整合而成为未来的发展方向
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