蛋白质组研究研究新技术做过双向凝胶电泳的人一定会抱怨它的繁琐、不稳定和低灵敏度等缺点
发展可替代或补充双向凝胶电泳的新方法已成为蛋白质组研究技术最主要的目标
目前，二维色谱 (2D-LC)、二维毛细管电泳 (2D-CE)、液相色谱－毛细管电泳 (LC-CE) 等新型分离技术都有补充和取代双向凝胶电泳之势
另一种策略则是以质谱技术为核心，开发质谱鸟枪法(Shot-gun)、毛细管电泳-质谱联用 (CE-MS)等新策略直接鉴定全蛋白质组混合酶解产物
随着对大规模蛋白质相互作用研究的重视，发展高通量和高精度的蛋白质相互作用检测技术也被科学家所关注
此外，蛋白质芯片的发展也十分迅速，并已经在临床诊断中得到应用
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