微生物生理学研究方向随着分子生物学的发展，微生物生理学的研究不断地向以下几个方面深入：①细胞中的生物化学转化、能量的产生和转换；②生物大分子的结构与功能(核酸与蛋白质的合成、遗传信息的传递以及膜的结构和功能等）；③ 分子水平上的形态建成、分化及其行为等
近年来，微生物生理学的研究扩展到了新的或过去不引人注意的微生物类群和可更新能源方面，这使人们对分解纤维素微生物和甲烷产生菌的生理进行深入的考察，并从化能自养菌的研究扩展到利用硫杆菌进行微生物浸矿
另外，微生物与其他生物之间的共生、寄生关系是人们多年来一直注意的领域，尤其是共生固氮的研究已有较大的进展
能使石油氧化、农药降解和人工合成的高分子物质分解的微生物，也越来越多地成为人们研究的对象
总之，每一新菌属和新现象的发现（例如，在小球藻中发现了一种蛭弧菌），都为微生物生理学研究提供新的对象，开辟新的领域
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