蛋白质数据库连接部分这一部分描述了有关二硫键及其他一些化学连接情况，描述化学连接的记录有SSBOND、CONECT、LINK、HYDBND、CISPEP等5种
SSBOND记录描述了蛋白质和多肽结构中的二硫键
CONECT记录表示了其他记录未能表示出的原子间关联状态
例如，在1G3P文件中，有关CONECT的第1条记录为：CONECT4948299这里“CONECT”为记录名称，其后内容表示在ATOM或HETATM记录中的第48位原子和第299位原子分别与第49位原子有成键关系
LINK记录详细描述了在1级结构中不能明确的残基间的关系，它实质上是上面介绍的CONECT记录的1个补充
HYDBND记录描述了原子间形成的氢键
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