北京中医药大学院系设置截至2022年3月，学校下设有中医学院、中药学院、生命科学学院、针灸推拿学院、岐黄学院、管理学院、护理学院、人文学院、马克思主义学院、国学院、国际与港澳台工作部（国际学院、台港澳中医学部）、继续教育学部、体育教学部等教学单位，有3家直属附属医院和国医堂中医门诊部，5所非直属临床医学院

另有中日友好医院、广安门医院、西苑医院、望京医院、北京中医医院等17个临床教学基地，开设16个本科招生专业

 直属附属医院：北京中医药大学东直门医院（第一临床医学院，三级甲等中医医院）、北京中医药大学东方医院（第二临床医学院，三级甲等中医医院）、北京中医药大学第三附属医院（第三临床医学院，三级甲等中西医结合医院） 、北京中医药大学枣庄医院（第四临床医学院，三级甲等中医医院）、北京中医药大学深圳医院（第五临床医学院，三级甲等中医医院）、北京中医药大学房山医院（第六临床医学院，三级甲等中医医院） 、北京中医药大学孙思邈医院（第七临床医学院，三级甲等中医医院） 、北京中医药大学厦门医院（第八临床医学院，三级甲等中医医院） 非直属附属医院：北京中医药大学附属护国寺中医医院（三级甲等中医医院）、北京中医药大学附属山西省中医院（三级甲等中医医院）、北京中医药大学附属重庆市中医院（三级甲等中医医院） 、北京中医药大学附属中西医结合医院（北京市中西医结合医院，三级甲等中西医结合医院） 非直属临床医学院：北京中医药大学中日友好临床医学院（中日友好医院，三级甲等医院）、北京中医药大学广安门临床医学院（中国中医科学院广安门医院，三级甲等中医医院）、北京中医药大学西苑临床医学院（中国中医科学院西苑医院，三级甲等中医医院）、北京中医药大学望京临床医学院（中国中医科学院望京医院，三级甲等中医医院）、北京中医药大学北京中医临床医学院（北京中医医院，三级甲等中医医院） 专业设置学院专业及专业方向学制北京中医药大学基础医学院中医学（岐黄国医班）九年中医学（卓越中医班）五年+三年中医学（卓越中医京华班）五年+三年中医学（卓越中西医班）五年+三年中医学（卓越中医儿科班）五年+三年中医学五年中医学（实验班）五年中西医临床医学五年北京中医药大学中药学院中药学（中药方向）四年中药学（中药学与中药分析方向）四年中药学（中药资源与开发方向）四年中药学（临床中药方向）四年制药工程（中药制药方向）四年制药工程（生物制药方向）四年药学四年生物工程四年北京中医药大学针灸推拿学院针灸推拿学五年针灸推拿学（针刀方向）五年针灸推拿学（康复方向）五年中医学（卓越针推）八年中医学（卓越针推对外）八年康复治疗学四年北京中医药大学管理学院公共事业管理五年工商管理四年药事管理四年信息管理与信息系统四年大数据管理与应用四年北京中医药大学护理学院护理学四年北京中医药大学人文学院法学（医药卫生）四年英语（医学、中医药国际传播）四年   

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