西北农林科技大学合并后1999年9月11日，由共处陕西杨凌的原西北农业大学、西北林学院、中国科学院水利部水土保持研究所、水利部西北水利科学研究所、陕西省农业科学院、陕西省林业科学院、陕西省中国科学院西北植物研究所等7个教学、科研单位合并组建为西北农林科技大学

2003年8月，教育部批准学校试办研究生院

 2004年6月，进入国家"985工程"建设序列

 2005年，进入国家"211工程"建设序列

 2007年6月，教育部正式批准学校建立研究生院，校长孙其信教授兼任研究生院院长

9月，首批入选国家大学生创新性实验计划实施高校

 2009年，教育部和农业部共建西北农林科技大学

 2010年，教育部和国家林业局共建西北农林科技大学

 2012年9月，首批入选国家级大学生创新创业训练计划实施高校

 2017年9月，西北农林科技大学入选国家“双一流”建设高校

 2020年5月，西北农林科技大学综合素质教育学院成立

 2020年7月，入选第二批高校国家知识产权信息服务中心建设名单

 2021年5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位

 2021年9月30日，西北农林科技大学首个学生学业发展指导中心在葡萄酒学院成立

 2022年2月，入选国家第二轮“双一流”建设高校

 3月，入选“基础学科招生改革试点”（强基计划）

 2022年4月，由西北农林科技大学和陕西省高级人民法院联合设立的“种业知识产权司法保护基地”在西北农林科技大学揭牌

 2022年5月16日上午，陕西省孔子学院联盟成立大会在西安外国语大学举行

西北农林科技大学等七所院校组成联盟首批理事成员单位

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