南方医科大学学术资源馆藏资源截至2019年12月，学校图书馆是教育部科技查新工作站、广东高校医学数字资源中心；拥有纸质文献246.93万册，电子图书210余万种，电子期刊3.8万种；拥有 SCIE（科学引文索引）、Science、Nature、JAMA（美国医学会杂志）、NEJM（新英格兰医学杂志）、Lancet（柳叶刀），BMJ（英国医学杂志）等世界综合医学杂志、各医学学科外文核心期刊、电子图书、实验室指南、临床医师考试题库及手术视频、解剖图谱等数据库共67种；自建了南医院士文库、南医学位论文库、南医专业课程电子教材库、南医机构知识库和学科资源网等

 学术期刊《南方医科大学学报》（原第一军医大学学报）为高级综合性医药卫生期刊；该刊已被美国PubMed Central （PMC）、Medline/PubMed、美国《化学文摘》（CA）、荷兰《医学文摘》（EMBASE）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国科技论文统计源数据库、《中文核心期刊要目总览》（2011、2014、2017年版，北京大学图书馆）等中国国内外重要数据库收录；2019年入选“中国科技期刊卓越行动计划”；连续8年获得“百种中国杰出学术期刊”（2013-2020）；连续5年获得“中国国际影响力优秀学术期刊”（2016-2020）；连续7年获得“百种中国杰出学术期刊”称号；是“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊

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