福建生物工程职业技术学院院系专业截至2021年12月，学院设7个系（院、部），设有23个高职专业，涉及生物与化工、食品药品与粮食、医药卫生、公共管理与服务四个大类
专业设置二级教学部门专业中药系中药学、中医养生保健康复保健系康复治疗技术、中医康复技术、医疗器械维护与管理健康管理系护理、健康管理、老年服务与管理、中小企业创业与经营健康食品系食品检验检测技术、食品质量与安全、生物产品检验检疫药学系药学、生物制药技术、药品经营与管理、药品生产技术公共基础部人工智能技术应用马克思主义学院---继续教育中心
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