厦门海洋职业技术学院院系专业截至2021年3月，学校设有二级学院8个，开办高职专业34个
学院专业航海技术系航海技术、轮机工程技术、港口与航运管理、报关与国际货运、船舶检验、水路运输与海事管理、集装箱运输管理、汽车运用与维修技术工商管理系国际金融、国际商务、物流管理、旅游管理、商务英语、港口物流管理、国际邮轮乘务管理信息技术系电子信息工程技术、光电技术应用、数字媒体应用技术、物联网应用技术、智能终端技术与应用、电子商务技术机电工程系机电一体化技术、制冷与空调技术、模具设计与制造、数控技术、机械设计与制造、工业机器人技术生物技术系水产养殖技术、水族科学与技术、环境评价与咨询服务、食品营养与检测、商检技术、食品加工技术、环境监测与控制技术参考资料：
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