莆田学院科研机构截至2022年5月，学校有省级及以上科研创新平台32个，其中工信部科研平台1个、省级“2011”协同创新中心2个、省级特色新型智库1个、省公共服务平台1个、省级产学研示范基地1个、省级重点实验室10个、省级工程（技术）研究中心6个、省级人文社科基地8个、省级院士专家工作站2个

全校有省级科研创新团队2个，校级科研团队78个

“妈祖文化传承与发展协同创新中心”获批为省级“2011协同创新中心”，妈祖文化研究中心成为第一批省社科研究基地和省高校人文社科优秀研究基地，并入选为省高校特色新型智库

 学校风光福建省重点实验室：福建省新型污染物生态毒理效应与控制重点实验室福建省高校重点实验室：应用数学福建省高校重点实验室、生态环境及其信息图谱福建省高校重点实验室、枇杷种质资源创新与利用福建省高校重点实验室、现代精密测量与激光无损检测福建省高校重点实验室、肿瘤转化医学福建省高校重点实验室、药物分析与检验医学福建省高校重点实验室福建省工程技术研究中心：福建省激光精密加工工程技术研究中心福建省高校工程研究中心：CAD/CAM福建省高校工程研究中心、东南沿海工程结构防灾减灾福建省高校工程研究中心省级协同创新中心：福建省妈祖文化传承与发展协同创新中心、激光智能制造与检测技术协同创新中心 部级人文社科基地：中国社会科学院历史研究所妈祖文化研究基地、全国台联妈祖文化研习交流基地、国家体育总局体育文化发展中心体育文化研究基地省级人文社科基地：福建省社会科学研究基地莆田学院妈祖文化研究中心其他人文社科基地：妈祖文化研究中心福建省高校人文社科研究基地、福建省宗教文化理论研究基地、福建省妈祖民俗体育文化研究基地研究所：妈祖文化研究所、数学研究所、骨科研究所、心血管研究所、肿瘤研究所、体育科研所、翻译研究中心、旅游发展与规划研究所、机电技术研究所、莆仙音乐与戏曲研究中心、信息技术研究所、管理发展研究中心、廉政研究中心等  

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