黄山学院科研机构截至2018年10月，该校建有省级研究中心1个、市级研究中心1个、校级研究所8个
省级研究中心（1个）：安徽省仿真设计与现代制造工程技术研究中心市级研究中心（1个）：黄山市地方旅游研究中心校级研究所（8个）：光电技术研究所、生物多样性研究所、生物资源研究所、应用化学研究所、徽文化研究所、世界遗产研究所、经济管理研究所、徽州方言研究所
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