安徽医科大学学科建设学校以医学为主，医学、理学、工学、管理学、法学等学科协调发展

截至2021年6月，学校拥有4个博士学位授权一级学科点，44个博士学位授权二级学科点；拥有13个硕士学位授权一级学科点，76个硕士学位授权二级学科点；拥有1个博士专业学位授予权学科，8个硕士专业学位授予权学科；学校建有4个博士后科研流动站；拥有1个国家重点学科，2个国家中医药重点学科，14个国家临床重点专科建设项目，3个省级学科建设重大项目，19个省级重点学科，49个安徽省临床重点专科；临床医学、药理与毒理学、公共卫生与预防医学、药学、生物学等5个学科获安徽省属公办普通本科高校一流学科奖补资金项目 

皮肤病与性病学为国家重点学科，中药药理学、中医肿瘤病学为国家中医药重点学科，有12个国家临床重点专科，19个省级重点学科，42个省级临床医学重点学科和重点扶持学科 

截至2020年9月，在ESI（基本科学指标数据库）中，学校临床医学、药理学与毒理学、分子生物学与遗传学、生物与生物化学、免疫学、神经科学与行为学6个学科进入ESI全球排名前1%

 2022年2月，学校新增大数据管理与应用专业、卫生监督专业、法医学专业

 博士后科研流动站（4个）药学、临床医学、公共卫生与预防医学、基础医学一级学科博士学位授权点（4个）临床医学、药学、基础医学、公共卫生与预防医学二级学科博士学位授权点（35个）免疫学、内科学、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、流行病与卫生统计学、儿少卫生与妇幼保健学、药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等一级学科硕士学位授权点（13个）心理学、生物学、生物医学工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、中药学、护理学等博士专业学位授权点（1个）临床医学博士硕士专业学位授权点（9个）临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、药学硕士、中药学硕士等省级重点学科（19个）药理学、病原生物学、免疫学、病理学与病理生理学、儿少卫生与妇幼保健学、口腔临床医学、社会医学与卫生事业管理、中药学、老年医学、内科学（消化系病、传染病、血液病）、神经病学、外科学（泌尿外、骨外、普外）、妇产科学等国家临床重点专科（12个）呼吸内科、神经内科、泌尿外科、皮肤科、急诊科、麻醉科、病理科等     

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