南京工程学院学科建设截至2021年12月，学校坚持以学科建设为龙头，构建了以工学为主，经济学、管理学、文学、法学、艺术学、理学等协同发展的学科体系
现有专业硕士学位授权点3个，“十四五”江苏省重点建设学科7个，“工程学”学科进入ESI全球排名前1%
硕士研究生招生规模持续较快增长，培养模式成效显著，建有全国工程专业学位研究生联合培养示范基地1个，省优秀研究生工作站4个，省优秀研究生课程2门，获省研究生教育改革成果奖3项，研究生获“全国工程硕士实习实践优秀成果获得者”4人
2021年11月，经国务院学位委员会批准为新增硕士学位授予单位，并通过硕士学位点审核3个：机械硕士、能源动力硕士、艺术硕士
省级重点建设学科（5个）：机械设计制造及其自动化、热能工程、检测技术与自动化装置、电力工程及其自动化、软件工程 “十四五”江苏省重点学科（7个）：机械工程、电气工程、设计学、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、控制科学与工程、工商管理
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