南京工程学院科研机构截至2016年8月，学校建有省级重点建设实验室2个，首批江苏高校“2011计划”协同创新中心1个，省级工程、技术中心5个
省级重点建设实验室（2个）：先进数控技术江苏省高校重点建设实验室 、江苏省先进结构材料与应用技术重点实验室首批江苏高校“2011计划”协同创新中心（1个）：南京工程学院“配电网智能技术与装备协同创新中心” 省级工程、技术中心（5个）：江苏省轨道车辆现代化装备工程研究中心、江苏电力仿真技术中心、现代制造技术工程研究中心、先进数控技术实验室、模具工程研究中心
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