南京中医药大学教学建设截止2014年6月，学校拥有15个本科专业，30余个专业方向，涵盖医、管、理、工、经、文等多个学科门类，初步形成了以中医药为主体，多学科相互渗透、优势互补、协调发展的办学格局

学校建有5个国家级特色专业、6门国家级精品课程、2个国家级教学团队、1个国家级人才培养模式创新实验区、2个国家级实验教学示范中心、25部国家级规划教材（主编）

学校建成22所附属医院、5所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所

是国家教育部确定的国家基础学科理科人才培养与科学研究基地（试办）、首批获准接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高等院校之一、全国中医师资进修教育基地

2021年9月，被确定为江苏高水平大学建设高峰计划建设高校

 2022年2月14日，南京中医药大学上榜教育部公布的第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单

 国家级特色专业（5个）：中医学、中药学、针灸推拿学、中药资源与开发、护理学国家级实验教学示范中心（2个）：护理实验教学中心 、中医临床实验教学示范中心  国家级精品课程（6门）：温病学、中医儿科学、中医内科护理学、中药炮制学、中医诊断学等国家级人才培养模式创新实验区（1个）："精诚计划"中医人才培养模式实验区国家级教学团队（2个）：中医儿科学教学团队、中医内科学教学团队  国家级规划教材（主编）一览表序号教材名称规划教材出版社出版时间编者1外科临床基本技能实训教程新世纪全国高等中医药院校创新教材中国中医药出版社2009潘立群 陈荣明2中西医临床基本技能实训教程新世纪全国高等中医药院校创新教材中国中医药出版社2009金桂兰 汪悦3中医外科学(案例版)中国科学院教材建设专家委员会规划教材科学出版社2007潘立群4中医儿科学(案例版)中国科学院教材建设专家委员会规划教材科学出版社2007汪受传5中医儿科学全国普通高等教育中医药类精编教材上海科技出版社2006汪受传6中医诊断学全国普通高等教育中医药类精编教材上海科技出版社2006吴承玉7儿科护理学普通高等教育“十五”国家级规划教材·新世纪全国高等中医药院校规划教材中国中医药出版社2005汪受传8中医诊断学普通高等教育高职高专规划教材科学出版社2005吴承玉9内科临床实习指南全国高等中医药院校实习指导丛书科学出版社2005汪悦10小儿推拿手法与穴位视听教材中国中医药现代远程教育2005任现志11流行性腮腺炎的中医治疗卫生部医学视听教材人民卫生出版社音像出版部2005韩新民12中医儿科学新世纪全国中医药高职高专规划教材中国中医药出版社2005郁晓维13五官科护理学中西医结合、护理专业本科规划教材中国中医药出版社2005丁淑华14五官科护理学习题集中西医结合、护理专业本科规划教材中国中医药出版社2005丁淑华15儿科护理学中西医结合、护理专业本科规划教材中国中医药出版社2005汪受传16中西医结合儿科学中西医结合、护理专业本科规划教材中国中医药出版社2005汪受传17儿科临床实习指南否科学出版社2005汪受传18中医儿科学普通高等教育“十五”国家规划教材；新世纪全国高等中医药院校七年制规划教材中国中医药出版社2004汪受传19中医养生康复学普通高等教育“十五”国家规划教材；新世纪全国高等中医药院校七年制规划教材中国中医药出版社2004王旭东20中医诊断学普通高等教育“十五”国家规划教材；新世纪全国高等中医药院校七年制规划教材中国中医药出版社2004吴承玉21中医内科学教材参考用书中国中医药出版社2004薛博瑜22实验针灸学习题集普通高等教育“十五”国家级规划教材、新世纪全国高等中医药院校规划教材配套教学用书中国中医药出版社2004李忠仁23中医内科学习题集普通高等教育“十五”国家级规划教材、新世纪全国高等中医药院校规划教材配套教学用书中国中医药出版社2004周仲瑛24牵引疗法卫生部医学视听教材人民卫生电子音像出版社2004马勇25中医内科学新世纪全国高等中医药院校教材同步辅导系列丛书科学出版社2004汪悦教学成果获奖一览表（部分）序号获奖名称获奖级别获奖等级项目名称获奖时间评奖部门获奖人员1国家级优秀教学成果二等奖国家级二等奖外科临床基本技能训练与考核方法的研究和实践1997教育部潘立群、陈荣明、凌立君2国家级优秀教学成果二等奖国家级二等奖医哲结合、构建自然辩证法教学新模式2005教育部张宗明、王中越、张艳萍、3江苏省高等教育教学成果奖特等奖部省级特等奖高等中医人才培养模式的创新实践与探索2009江苏省人民政府吴勉华、黄桂成、刘跃广、文庠、汪悦4江苏省高等教育教学成果奖二等奖部省级二等奖针灸专业技能“全程一体化”实训教学模式的构建与实践2009教育厅董勤、甘君学、徐兰凤、张建斌、陈梅5江苏省高等教育教学成果奖二等奖部省级二等奖《中医儿科学》教材改革与实践研究2009教育厅汪受传、赵霞、蒋斌、陈晓征、韩新民6江苏省高等教育教学成果奖二等奖部省级二等奖构建中医临床技能实验教学体系2007教育厅金桂兰、黄桂成、汪悦、凌立君、张琴7江苏省高等教育教学成果奖一等奖部省级一等奖中医药类专业实践教学改革研究与实践2005省教育厅吴勉华、潘立群、陈荣明、汪悦等8江苏省高等教育教学成果奖二等奖部省级二等奖中医内科学教学内容与方法的改革2004省教育厅金实、汪悦、王旭、薛博瑜、章永红9江苏省高等教育教学成果奖二等奖部省级二等奖构建《中医儿科学》立体化教材体系2004省教育厅汪受传、任现志、郁晓维、韩新民、李江全10江苏省高等教育教学成果奖二等奖部省级二等奖中医舌诊多媒体教学辅助软件2004教育厅吴承玉、徐征11全国中医药高等教育教学研究优秀成果奖部省级优秀成果奖中医药类专业实践教学改革研究与实践2004全国中医药高等教育学会吴勉华、潘立群、陈荣明、汪悦等学校同时也是世界卫生组织（ WHO）传统医学合作中心；是国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、中国中医文献检索中心分中心

学校还多次被评为江苏省文明单位、高校党建与思想政治工作先进单位和首批高校校风建设优秀单位

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