南京中医药大学院系设置截止2019年9月，学校设有中医学院·中西医结合学院、药学院、医学院·整合医学学院、针灸推拿学院·养生康复学院、护理学院、卫生经济管理学院、人工智能与信息技术学院、国际教育学院、继续教育学院、马克思主义学院·医学人文学院、国际经方学院及第一、二、三临床医学院、公共外语教学部、体育部等教学机构，与中国科学院上海药物研究所全面合作，共建“新中药学院”（中药学“4+5”本博连读9年制）
拥有附属医院（江苏省中医院）、第二附属医院、附属南京中医院、附属南京医院等6个直属附属医院，29个非直属附属医院、4个中西医结合临床医学院
2021年7月15日，南京中医药大学养老服务与管理学院揭牌仪式在南京中医药大学汉中门校区举行
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