南京信息工程大学科研机构截至2015年5月，学校设有2011协同创新中心1个，教育部重点实验室1个，教育部国际联合实验室1个，教育部创新开放平台示范基地1个，中国气象局重点实验室2个，江苏省2011协同创新中心2个，江苏省重点实验室6个，江苏省工程技术研究中心5个，江苏省决策咨询研究基地1个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地2个，教育部人文社会科学重点研究基地1个

  2011协同创新中心：气象灾害预警预报与评估协同创新中心教育部重点实验室：气象灾害教育部重点实验室教育部国际联合实验室：气候与环境变化教育部国际联合实验室教育部创新开放平台示范基地：“气象云平台及应用”互联网应用创新开放平台示范基地教育部工程研究中心：数字取证教育部工程研究中心 中国气象局重点实验室：中国气象局大气物理与大气环境重点开放实验室、中国气象局气溶胶与云降水重点开放实验室江苏省2011协同创新中心：气候与气象灾害协同创新中心、大气环境与装备技术协同创新中心江苏省重点实验室：江苏省农业气象重点实验室、江苏省大气环境监测与污染控制高技术研究重点实验室、江苏省气象探测与信息处理重点实验室、江苏省大数据分析技术重点实验室、江苏省大气海洋光电探测重点实验室、江苏省海洋动力遥感与声学实验室、江苏省大气污染控制联合实验室江苏省工程技术研究中心：江苏省气象传感网技术工程中心、江苏省环境净化材料工程技术研究中心、江苏省气象能源利用与控制工程技术研究中心、江苏省网络监控工程中心、江苏省海洋环境探测工程技术研究中心、江苏省协同精密导航定位与智能应用工程研究中心 江苏省决策咨询研究基地：江苏人才强省建设研究基地 江苏高校哲学社会科学重点研究基地：中国制造业发展研究院、气候变化与公共政策研究院 省级虚拟仿真实验教学共享平台建设点：地球科学虚拟仿真实验教学共享平台 教育部人文社会科学重点研究基地：清华大学技术创新研究中心分中心 

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