南通大学校徽体现南通大学新校区建筑设计“水乡书院”的意象：好象绿色的玉壁，镶嵌在江海之滨
外形设计处理成击打传声的玉磬，“清亮之声，闻者倾倒”
有别于震旦的钟声，喻示南通大学通古纳今传承文明的历史责任
其形也如升腾的风筝和具有地域特色的瓦当
自下而上，由短到长对称排列递次舒展的五根曲线，恰似五山叠翠，又如传统水纹，暗喻南通濒江临海的地理位置，也体现学校多学科的综合性
校徽简洁明快、言简意赅，一形多义，既富于传统文化底蕴、地域特色，又具现代图式的特征和新颖别致的原创性，与兄弟院校校标并置别具一格，图案所传递的蓬勃向上的视觉张力，体现了南通大学这所新世纪新学校的新的精神风貌
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