爱丁堡大学历史沿革与早年许多在教廷允许（Papal Charter）成立的大学不同，爱丁堡大学在苏格兰国王詹姆斯六世（James VI）的允许（Royal Charter）和爱丁堡市议会(Town Council)的资助下于1582年展开筹建
翌年大学正式成立，作为欧洲宗教改革运动之后的第一所市立大学（Civic University），爱丁堡大学是苏格兰的第4所也是整个英语世界的第6所大学
爱丁堡大学的建立归功于奥克尼群岛首府柯克沃尔的圣马格努斯大教堂的主教罗伯特·里德，他在1558年去世后将其财产遗留下来作为大学最初的创建基金，并由爱丁堡镇议会（Edinburgh Town Council）付诸实施，最终在多方努力下于1582年由詹姆斯六世颁发皇家宪章而成立，当年为1582年
因为当时的大学都是由教宗诏书创立的，这便非同寻常
1583年开始在一名年轻的圣安德鲁斯大学毕业生Robert Rollock的管理下授课
这是当时第四所苏格兰大学，而同期英格兰只有牛剑两所
大学最初名为唐尼斯学院（Tounis College），1617年改名为詹姆斯国王学院（King James's College）
18世纪时爱丁堡大学成为了欧洲启蒙运动的中心之一
在18世纪欧洲启蒙运动的浪潮中，爱丁堡大学逐渐成为学术中心和欧洲主要大学之一
著名的大哲学家大卫·休谟年轻时便在学校受教和成长
在1789年老学院（Old College）兴建之前，学校并没有专属的校园，如今这座建筑物仍然屹立于爱丁堡老城（Old Town）的南桥街（South Bridge）和钱伯街（Chamber Street）交接处，当初它的设计者是著名建筑家亚当·罗伯特（Robert Adam）
到19世纪末期，老学院已经无法容纳众多的学生，罗伯特·罗安德·安德森（Robert Rowand Anderson）于1875年受聘设计了医学院大楼（现为老医学院），位于乔治广场（George Square）
在19世纪80年代，麦克尤恩厅（McEwan Hall）建立，成为大学重要的典礼举办大厅，包括学生的毕业典礼
新学院（New College）于1840年代在一所公共教堂的基础上扩建而立，从1920年代开始成为神学院的主楼
爱丁堡大学学生会（Edinburgh University Students' Association）创建于1884年，位于世界上最古老的专为学联而建的大楼Teviot Row House中
在400多年的发展过程中，爱丁堡大学的建筑分布在整理爱丁堡市区，包含了各种时期的建筑风格
1998年，爱丁堡大学合并了创建于1848年的莫雷教育学院（Moray House School of Education），2019年改名为莫雷教育与体育学院（Moray House School of Education and Sport）
2011年，创建于1907年的爱丁堡艺术学院并入爱丁堡大学，于大学原有的艺术，文化和环境学院组成一所新的爱丁堡艺术学院（Edinburgh College of Art）
爱丁堡大学艺术学院的电影导演专业是全英创意技能奖（Creative Skillset Tick）三所获奖机构之一（其他两所为英国国立电影电视学院、伦敦电影学院）
2014年，浙江大学爱丁堡大学联合学院（Zhejiang University-University of Edinburgh Institute）成立
学院坐落在浙江大学海宁国际校区，于2016年开始正式招生，提供生物医学本科学位，毕业后可获得两所大学的文凭
爱丁堡大学既珍惜往日的荣誉，又持续不断地追求、创新，以其出色而多样的教学与研究而享誉世界
爱丁堡大学分旧学院（Old College）和新学院（New College）两部分，其中旧学院是法学院和欧洲研究所所在地
附近有麦克尤恩礼堂（McEwan Hall），是维多利亚农业丰收的象征建筑，内设有2200个座位，专门为举行毕业典礼及一些大型正式的洽谈会所设
新学院位于蒙德山顶，俯瞰王子大街，神学院位于该地
爱丁堡大学有3个主要的校区：乔治广场（George Square）、国王大厦（King's Buildings）和小法兰西（Little France）
旧学院的一些原始建筑可追溯到1776年，但大多数建筑是现代的
乔治广场区还有爱丁堡大学的主图书馆（Main Library）；国王大厦区位于乔治广场以南约3公里处，大多数科学和工程学院位于该区，如电子工程学院、生态学院、工程信息学院以及一些政府科研机构
这些建筑多数建于1920年代，50至60年代扩建，并增设了气象学系、物理天文系以及大学计算机服务设施
另外距乔治广场校区不远的波洛克厅(Pollock Halls)由10多个独立的House组成，可供近2000名学生居住
爱丁堡大学在欧洲启蒙时代具有极为重要的领导地位，使爱丁堡市成为苏格兰启蒙运动的中心 ，并享有“北方雅典”之盛名
本杰明·富兰克林曾盛赞：“爱丁堡大学拥有许多真正的伟人和从事各种知识研究的教授，这在以往的任何时代、任何国家都从未有过
”美国第三任总统托马斯·杰斐逊在1789年写给杜加德·斯图尔特的信中说：“就研究科学而言，世界上没有地方可与爱丁堡大学相较高下
四百余年过去，爱丁堡大学仍是世界顶尖大学，全球二十强名校
在2022年发布的QS世界大学排名中，高居世界第15位
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