慕尼黑大学院系设置大学的教学单位现分为20个学院，这些学院中又分为总共178个研究所，以及为医学院实习用的诊所
慕尼黑大学成就较高的学院主要有国民经济学院、企业经济学院、医学院、法学院、社会学学院、物理学院和化学学院、林学院、兽医学院等
几乎涵盖了所有的学科领域
因此，慕尼黑大学实为传统定义下名副其实的综合性大学“universitas”
1.天主教神学院2.基督教神学院3.法学院4.企业经济学院5.国民经济学院6.医学院7.牙医学院8.兽医学院9.历史及艺术学院10.哲学，科学理论及宗教学院11.心理学及教育学院12.文化学院13.语言学院14.文学院15.社会学院16.数学、信息学及统计学院17.物理学院18.化学及药学院19.生物学院20.地质学院
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