马德里自治大学设立专业专科专业有体育教育、音乐教育、儿童教育、外语教育、人类营养与饮食、护理学、职业病治疗等等；本科专业有旅游学、物理学、化学、数学、生物学、环境科学、法律与政治科学、语言学、经济学、工商管理学、历史学、艺术史、笔译与口译、地理学、心理学、信息工程、医学、心理教育学等等；研究生专业有天体物理学、农业化学、考古学与遗产等等
校方近年锐意进取、急起直追，学校的各项基础设施和教学质量已经能和部分发达国家的高等院校相比
2018年7月8日报道，马德里自治大学即将开设加密货币课程
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