中欧大学院系设置博士生院（Doctoral School）政治学、公共政策和国际关系学博士生院（Doctoral School of Political Science, Public Policy, and International Relations）学系（Department）政治学系（Department of Political Science）国际关系学系（Department of International Relations）公共政策学系（Department of Public Policy）  哲学系（Department of Philosophy）社会性别研究系（Department of Gender Studies）历史学系（Department of History）中世纪研究系（Department of Medieval Studies）社会学及社会人类学系（Department of Sociology and Social Anthropology）法学系（Department of Legal Studies）认知科学系（Department of Cognitive Science）经济与商业系（Department of Economics and Business）环境科学与政策系（Department of Environmental Sciences and Policy）数学及应用数学系（Department of Mathematics and its Applications）网络与数据科学系（Department of Network and Data Science）研究中心（Center）东地中海研究中心（Center for Eastern Mediterranean Studies）宗教研究中心（Center for Religious Studies）项目（Program）民族主义研究项目（Nationalism Studies Program）罗姆人研究项目（Romani Studies Program）平台（Platform）视觉研究平台（Visual Studies Platform）

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