海德堡大学院系设置建校之初即设有神学、法学、医学、哲学四大经典科系

直至1890年，自然科学系才成为第五个独立的科系

现今海德堡大学发展出12个学院（Fakultät） ，超过100个学门，分为大学部、研究所与博士后研究

神学院（Theologische Fakultät） 法学院（Juristische Fakultät） 经济学与社会科学院（Fakultät für Wirtschafts- und Sozialwissenschaften） 哲学院（Philosophische Fakultät） 语文学院（Neuphilologische Fakultät） 行为科学及实验文化科学院（Fakultät für Verhaltens- und Empirische Kulturwissenschaften） 数学及资讯学院（Fakultät für Mathematik und Informatik） 物理学及天文学学院（Fakultät für Physik und Astronomie） 化学及地理科学院（Fakultät für Chemie und Geowissenschaften） 生物科学院（Fakultät für Biowissenschaften） 医学院海德堡校总部与大学附设医院（Medizinische Fakultät Heidelberg） 医学院曼海姆分部及其附设医院（Medizinische Fakultät Mannheim） 

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