北海道大学科研机构根据2015年2月学校官网显示，北海道大学有全国共同利用设施3所、附属研究所3所、校内共同教育研究设施20个
附属研究所（3所）：低温科学研究所、电子科学研究所、遗传基因病控制研究所 全国共同利用设施（3所）：催化化学研究中心、斯拉夫研究中心、信息基础中心 校内共同教育研究设施研究设施名称◆ 同位素综合中心◆ 外国语教育中心◆ 量子集成电子学研究中心◆ 阿伊努和先住民研究中心◆ 北方生物圈领域科学中心◆ 社会科学实验研究中心◆ 创业企业研究室◆ 信息法政策学研究中心◆ 脑科学研究教育中心◆ 环境纳米生物工学研究中心◆ 人兽共患病研究中心◆ 数学合作研究中心◆ 大学文书馆◆ 可持续发展学教育研究中心◆ 观光学高等研究中心◆ 拓扑理工学教育研究中心◆ 保健中心◆ 环境健康科学研究教育中心◆ 产学合作中心◆ 探索医疗教育研究中心（表格内容资料来源：2015年2月北海道大学官网）
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