耶拿大学院系设置作为文理综合类大学，耶拿大学共设十个学院，233个专业，16个科研机构

  耶拿大学主要优势专业有社会学、哲学、心理学、语言学、光学、经济学、物理学、生物科学等

此外，马克斯-普朗克研究所在耶拿设有3个研究机构

学校设置学院如下：法学院（Faculty of Law）医学院（Medical Faculty）艺术学院（Faculty of Arts）生物科学学院（Faculty of Biological Sciences）工业技术学院（Faculty of Technology）物理与天文学院（Faculty of Physics and Astronomy）经济与工商管理学院（Faculty of Economics and Business Administration）化学与地球科学学院（Faculty of Chemistry and Earth Sciences）社会与行为科学学院（Faculty of Social and Behavioural Sciences）数学与计算机科学学院（Faculty of Mathematics und Computer Sciences）学校设置科研机构如下：阿贝光学中心（Abbe Center of Photonics）阿贝光子学院（Abbe School of Photonics）德国综合生物多样性研究中心（German Centre for Integrative Biodiversity Research （iDiv） Halle-Jena-Leipzig）伦理学中心（Ethikzentrum）精英项目研究所（微观平衡）（Research Projects）启蒙实验室（Laboratory of the Enlightenment）研究生院（Graduate Academy）微生物传播研究所（Jena School for Microbial Communication）人类行为研究所（GSBC）软物质中心（Jena Center for Soft Matter）耶拿历史研究所（Jena Center Geschichte des 20. Jahrhunderts）右翼极端主义研究中心（Zentrum für Rechtsextremismusforschung, Demokratiebildung und gesellschaftliche Integration）数据传动与仿生科学所（Michael Stifel Center Jena）大学教学评估所（Universitätsprojekt Lehrevaluation）教学研究中心（Zentrum für Lehrerbildung und Bildungsforschung）宗教所（Zentrum für Religionspädagogische Bildungsforschung）

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