哥本哈根大学学校设施1728年10月，哥本哈根发生持续4天的大火，近三成的城市建筑被烧毁，二成的城市人口无家可归

火灾亦使哥本哈根大学图书馆毁于一旦，近4万册图书付之一炬，其中大量是中世纪留存下来的珍本和孤本；哥本哈根大学天文台的观测设备和观测记录也被烧毁 

不过，学校幸免于1795年的大火

虽然学校在1801年的哥本哈根战役[Battle of Copenhagen (1801)] 中未受波及，但地质博物馆在1807年英国和丹麦的交战 [Battle of Copenhagen (1807)] 中被毁，当时英国的舰队炮轰哥本哈根城 (Bombardment of Copenhagen)，哥本哈根大学超过一半的古老建筑在这次战役中被毁

1836年，新的大学主楼落成 

哥本哈根大学的很多附属机构，包括图书馆、动物学博物馆、地质博物馆、植物园和温室等都是在这段时间内建立起来的

进入20世纪，哥本哈根大学把发展转向哥本哈根市的北部，在那里成立新的大学医院、新的图书馆、理论物理中心、自然科学中心

哥本哈根大学现有许多博物馆、博物园，如动物学博物馆、植物园和温室、地质学博物馆、医学博物馆等

地质博物馆现藏有800多万种样品；植物园则最大规模地收集了现存植物种类，拥有全球三万多种植物，并拥有三个基因库

哥本哈根大学图书馆现已并入丹麦皇家图书馆(The Royal Library, The National Library of Denmark and Copenhagen University Library) ，是北欧地区最大的图书馆

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