乌得勒支大学研究机构哥白尼可持续发展研究所（Copernicus Institute of Sustainable Development） 隶属于乌得勒支大学地球科学学院，包括四个多学科研究团队：能源与资源、环境治理、环境科学以及创新研究

主要从事于全球能源环境领域的可持续发展研究，包括能源科学、工业能效提升及技术变革、太阳能及生物质能源、创新科学、可持续发展、大气污染物减排、水科学和管理等领域的研究，多次参与IPCC评估工作，为世界能源与生态环境的可持续发展做出了巨大贡献

此外哥白尼可持续发展研究所与劳伦斯伯克利国家实验室（Lawrence Berkeley National Laboratory），IIASA（International Institute for Applied Systems Analysis），CML （Institute of Environmental Sciences Leiden University），弗劳恩霍夫协会（Fraunhofer Institute）以及国际工业环境经济学研究所（IIIEE）等国际著名研究机构保持交流合作，同时也承担乌德勒支大学的教学工作

德拜纳米科学研究所（Debye Institute for Nanomaterials Science） 隶属于乌得勒支大学理学院物理天文系，以物理化学领域的先驱：荷兰科学家和诺贝尔奖得主彼得·德拜（1884-1966）命名

包括六个研究团队：凝聚态物质与界面、物理与胶体化学、无机化学与催化、有机化学与催化、纳米光子学（复杂系统中的光物理）和软凝聚态物质与分子生物物理

主要从事于催化、胶体科学和纳米光子学领域的研究，主要涉及半导体纳米结构的合成、胶体合成和软物质的物理描述之间的相互作用、结构明确的固体催化剂的合成、表征及性能和相关功能材料的气体存储和光化学转换过程、均相催化及生物无机化学、纳米材料、复杂系统中的光物理等领域的前沿研究

弗赖登塔尔研究所（Freudenthal Institute） 隶属于乌得勒支大学理学院数学系，以国际上极负盛名的荷兰数学家和数学教育家，皇家科学院院士弗赖登塔尔（1905-1990）命名

FI致力于在科学教学实验室的物理和虚拟环境中整合教育以及高质量的科学和数学教育，其数学教育的课程重点是使参与者更新数学教育领域的设计与研究理念，涉及课程开发，课堂实验，建模及评估等

弗赖登塔尔研究所在开发和实施创新型及高质型数学和科学方面是国际先驱，同时也是中学和高等教育混合学习领域的先驱

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