波恩大学20世纪德国国家社会主义工人党在1933年3月的议会选举中获胜后，波恩大学被政治化
40位教工因为种族和政治原因被解雇
他们中的两位（Johannes Maria Verweyen和Paul Ludwig Landsberg）死在了集中营，数学家菲力克斯豪斯多夫自杀身亡
文学院长剥夺了托马斯曼的名誉博士学位，二战后被再次授予
1934年成立大学农学院，其前身是泊波尔斯多夫农业大学
1944年10月18日空袭摧毁了波恩大学主楼（科隆选帝侯宫殿）
战争结束后的1945/46冬季学期由于恢复重建工作，校长办公室迁至过渡性建筑
由于战争破坏和学生增加建设工作是必要的，波恩大学新修建了一栋建筑作为图书馆，其对面修建了一栋建筑作为法学院
大学附属医院甚至完全从内城迁出重新奠基
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