三江学院学校管理学校在创建时确立了董事会领导下的校长负责制的领导和管理体制
原南京工学院（今东南大学）院长钱钟韩教授出任首任董事长，著名美籍华裔社会活动家、美国国际合作委员会主席陈香梅女士任名誉董事长，原南京大学校长匡亚明教授出任名誉校长，并亲笔题写了“唯实求真、开拓创新”的校训，东南大学陶永德教授担任首任校长
2003年根据《民办教育促进法》精神，学校在原董事会基础上改组成立理事会，由第九届全国人大代表、原江苏省教委主任、东南大学党委书记陈万年教授任理事长、校长、党委书记
2013年3月，经江苏省委教育工委委派，原江苏省委教育工委副书记丛懋林同志任三江学院党委书记
2014年1月，经三江学院理事会投票决定，原副校长陈云棠教授任三江学院校长
2017年5月，经三江学院理事会投票决定，原常务副校长笪佐领教授任三江学院校长；2019年6月，吴中江教授任三江学院校长
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