上海海事大学研究生院研究中心作为一所以航运为特色的多学科大学，拥有集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、教育部科技查新工作站、上海市普通高校人文社会科学重点研究基地——上海海事大学海商法研究中心、上海航运物流信息工程技术研究中心、上海市社会科学创新研究基地（上海航运中心建设研究方向）等省部级重点研究基地
学校在加强研究生基础教育、专业技能训练的同时，重视研究生参与科研项目，在许多国家级、省（部）级重大项目中，研究生都成了主要参与者，在围绕将上海建设成为国际航运中心的有关项目和课题研究中做了不少工作，如“外高桥保税区经济发展与管理模式的研究”、“上海港港口发展战略若干问题的研究”、“运输网络中的交通控制系统”等，还参与了航海科学项目的研究及港航企业的设备管理、改造项目，如“轮机模拟器”、“航海操纵模拟器”、“大型柴油机机舱综合仿真系统”等
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