北京工商大学研究生部学科建设学校早在1981年获得硕士学位授予权，是我国第一批获得硕士学位授予权的高校，并具有博士研究生联合招生与培养权，学校大力加强学科建设，现有北京市重点学科2个，重点建设学科4个

硕士学位授权点从合校之初的16个，发展到目前的2个一级学科和35个二级学科硕士学位授权点，以及4个硕士专业学位授予权

2个一级学科硕士点为：应用经济学和环境科学与工程；35个二级学科硕士学位授权点为：政治经济学、西方经济学、国民经济学、区域经济学、产业经济学、财政学、金融学、国际贸易学、劳动经济学、数量经济学、国防经济学、会计学、企业管理（财务管理）、统计学、企业管理、旅游管理、技术经济及管理、管理科学与工程（具有管理学、工学两个学科门类硕士学位授予权）、民商法学、经济法学、专门史、应用化学、生物化工、环境工程、环境科学、食品科学、材料加工工程、控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、计算机应用技术、机械设计及理论、机械制造及其自动化、马克思主义中国化研究、思想政治教育、新闻学，涉及经济学、管理学、法学、历史学、文学和工学6个学科领域；具有工商管理硕士（MBA）及机械工程、控制工程、化学工程等领域的工程硕士专业学位授予权

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