香港中文大学崇基学院院系设置崇基学生必须分属大学学院中之一者：文学院、工商管理学院、教育学院、工程学院、法律学院、医学院、理学院及社会科学院
大学学院共提供约六十多项主修课程及副修课程
大学九所成员书院中，只有崇基学院附有音乐及神学课程
崇基学院崇基学院自一九五七年起即以宗教教育及神学训练等课程为教学之一部份
惟自一九六三年香港中文大学成立后，宗教科训谏课程之教员薪金，概由政府资助，而基督教教牧人员之训练，于一九六三年迄六八年间则由本校附属之崇基神学院办理
该神学院於一九六八年后即不复存在；其训练任务已移交本校哲学及宗教学系新设之神学组办理，而神学组于二〇〇四年八月一日起正式易名为香港中文大学崇基学院神学院，以强化作为唯一设于华人公共大学中的神学教育机构之角色，并以此身份更广泛地与世界各地的神学院发展合作关系
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