厦门医学院科研机构截至2022年7月，学校有国家CMA认证的分析测试中心1个，省级科研平台6个，市级科研平台3个
省厅级重点实验室：福建省中药精加工与健康产品开发研究室、福建省呼吸疾病精准医学协同创新中心、机能与临床转化福建省高校重点实验室、天然化妆品福建省高校工程研究中心、海洋生物医药资源福建省高校工程研究中心、口腔生物材料福建省高校工程研究中心 市级重点实验室：厦门市中药生物工程重点实验室、厦门市海洋药用天然产物资源重点实验室、厦门市口腔疾病诊疗重点实验室 校级科研平台：中心实验室、转化医学研究室、药物制剂研究室、闽台青草药研究室、口腔材料学研究室
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