中国科学院微生物研究所合并前身中国科学院应用真菌研究所中国科学院应用真菌研究所组建于1956年12月，它的前身是中国科学院植物所真菌植物病理研究室
该室组建于1953年1月，它是由前中央研究院和北平研究院的两个植物研究所的真菌部分合并而成
1956年，根据国家的远景科学规划，中科院决定将原真菌植物病理研究室扩建，并于56年10月迁址到中关村，12月3日正式下文成立中国科学院应用真菌研究所
北京微生物研究室1953年2月中国科学院接管了原属于重工业部的黄海化学工业研究社发酵研究室（方心芳任研究员兼副社长），并将其并入菌保会
1957年8月，北京微生物研究室成立，方心芳任研究员、副主任
微生物研究室是在中国科学院菌种保藏委员会（菌保会）的基础上建立起来的
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