中国科学院微生物研究所合作交流据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所与浙江海正集团共建生物药物联合实验室、与浙江银象生物工程有限公司共建联合实验室等11家企业建立各种联合实验室和联合中心；在湖北省八峰药化股份有限公司，北京中科亚生物技术发展有限公司等12家公司投资参股；与湖北与深蓝有限公司合作开发灵芝和推广、与山东金长城集团成立合资公司等多种形式进行技术转化
每年与企业合作的横向合作经费1000万以上
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