中国科学院微生物研究所学科建设据2016年3月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所是国务院批准的首批具有博士、硕士授予权的科研单位，自1978年恢复研究生招生制度至今，共培养研究生近千名
中国科学院微生物研究所设有3个二级学科，并设有博士后流动站；新增1个专业学位硕士培养点
博士学位培养点（3个，二级学科）：微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学 硕士学位培养点（3个，二级学科）：微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学 专业学位硕士培养点（1个，二级学科）：生物工程 博士后流动站：微生物学
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