中国科学院物理研究所科研机构据2021年4月研究所官网数据显示，物理所有3个国家重点实验室，6个院重点实验室，3个所级实验室，8个研究中心
国家重点实验室：超导、磁学、表面物理院重点实验室：光物理、电子显微镜、纳米物理与器件、极端条件物理、清洁能源前沿研究、凝聚态理论与计算所级实验室：软物质物理、固态量子信息与计算、微加工研究中心：国际量子结构中心、量子模拟科学中心、北京散裂中子源靶站谱仪工程中心、清洁能源中心、超导技术应用中心、功能晶体研究与应用中心、量子计算研究中心、应用物理中心
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