中国科学院生物物理研究所科研部门截至2014年08月，生物物理所拥有2个国家重点实验室、2个中国科学院重点实验室、2个所级重点实验室
2006年12月，经科技部批准，研究所正在筹建蛋白质科学国家实验室
国家重点实验室：生物大分子国家重点实验室、脑与认知科学国家重点实验室 中国科学院重点实验室：中国科学院感染与免疫重点实验室、中国科学院核酸生物学重点实验室 所级重点实验室：蛋白质与多肽药物所级重点实验室、交叉科学所级重点实验室
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