中国科学院生物物理研究所合作交流院地合作截至2014年08月，研究所与71家中国国内外企业建立了技术转让和研发合作关系，实现成果转让75项

 生物物理所与多家科研机构、高等学校建立了联合实验室，在江苏吴中、广东佛山积极布局核心技术成果转化基地，与中国航空工业集团航空总医院共建了转化医学研究院

 为了进一步打造产业化创新体系，建设蛋白质科学国家实验室成果孵化基地，生物物理研究所成立了蛋白质产业孵化器（北京百川飞虹生物科技有限公司），致力于科研成果的产业化和对产业的技术支撑，并以此为基础向地方辐射，与绵阳、无锡等中国地方政府联合建立规模化的蛋白质相关产品生产基地

 国际交流截至2014年04月，生物物理研究所实施国际化发展战略，着力推进与国际一流研究机构和著名企业建立长期战略合作伙伴关系

与美国、英国、澳大利亚、德国、日本等十余个国家建立了实质性合作，开展包括共建联合实验室、人才互访、研究生联合培养、科研项目联合攻关等实质性合作；积极建议、申请和承担国际合作重大项目，多次获得国家基金委重大国际（地区） 合作研究项目、科技部国际科技合作专项项目和政府间合作项目的资助

研究所还组织、推荐科学家到国际学术机构任职，不断提升研究所的国际学术地位和影响

 重大国际合作：2011年5月，与美国宾夕法尼亚大学成立“中美脑成像联合研究中心”2010年9月，与澳大利亚昆士兰大学成立“中澳神经与认知科学联合实验室”2010年4月，与安捷伦科技公司成立“蛋白质组学合作实验室”2008年10月，与澳大利亚国立大学成立“中澳表型组学联合实验室”2006年6月，与通用电气医疗集团成立“生命科学示范实验室”2006年5月，中国科学院－日本东京大学“结构病毒学与免疫学联合实验室”成立 重要国际学术会议：2013年1月29-30日，中英合成生物学研讨会2012年11月7-10日，第三次国际暨第十二次全国膜生物学学术研讨会2012年11月5-7日，第四届亚洲生物论坛2012年10月14 -18日，蛋白质-配体弱相互作用研究的技术与方法国际研讨会在京召开2012年11月7-10日，第三次国际暨第十二次全国膜生物学学术研讨会2012 年8 月7－9 日，首届世界华人自由基生物学与自由基医学学术大会2012年6月7日，中科院外国专家特聘研究员和外籍青年科学家工作交流研讨会2010年8月17-20日，第七届国际认知科学大会2009年10月22-25日，2009年亚洲晶体学会-中国晶体学会联合大会2008年10月17-22日，第14届国际自由基大会2008年5月13-16日，第15届国际生物发光和化学发光大会2008年5月12-16日，第十届世界生物传感学术大会 

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