中国科学院紫金山天文台科研部门据2015年12月天文台图书馆官网信息显示，中国科学院紫金山天文台共设有4个研究部、5个实验室；此外，该台还建设和运行中国科学院重点实验室3个
台级研究部（4个）：暗物质和空间天文研究部 、南极天文和射电天文研究部 、应用天体力学和空间目标与碎片研究部 、行星科学和深空探测研究部 台级实验室（5个）：毫米波和亚毫米波技术实验室、暗物质和空间天文实验室、天体化学和行星科学实验室、CCD相机研制实验室、行星科学与深空探测实验室 中国科学院重点实验室（3个）：中国科学院射电天文重点实验室、中国科学院空间目标与碎片观测重点实验室、中国科学院暗物质与空间天文重点实验室 野外业务观测台站（7个）：南京紫金山科研科普园区、青海观测站、盱眙天文观测站、赣榆太阳活动观测站、洪河天文观测站、姚安天文观测站、南极Dome A天文台
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